The Journal of Medicinal Chemistry publishes studies that contribute to an understanding of the relationship between molecular structure and biological activity or mode of action.

《药物化学杂志》发表的研究有助于理解分子结构与生物活性或作用方式之间的关系。 一些合适的特定领域包括：设计，合成和生物学评估用作药理学工具的新型生物活性化合物，诊断剂或标记配体。 报道的系列的分子修饰，导致对它们的结构-活性关系（SAR）的了解大大改善。不使用新的化学或生物学方法或没有对基础知识系列的SAR有基本了解的现有扩展程序的常规扩展通常将不被公开发表。 有关配体和靶标的结构生物学研究（X射线，NMR等），旨在研究生物活性化合物作用下的分子识别过程。 大分子靶标的分子生物学研究（例如定点诱变）可增进对分子识别的理解。 计算研究可提供对化合物系列SAR的最新见解，这些化合物具有当前的普遍价值，或者可对随后可用于提高药物化学知识的其他可用数据进行分析。 具有新颖性的计算化学方法，对于生物活性分子的鉴定，优化或目标相互作用分析具有证明价值。 分子结构对生物活性化合物的分布，药代动力学和代谢转化的影响。这可能包括新型前药的设计，合成和评估。仅在方法已在相关分子上进行测试的情况下，这种新方法可广泛应用于药物化学。。