南京医科大学学报编辑部为南京医科大学文明科室，连续数届被江苏省新闻出版局、江苏省科学技术委员会、江苏期刊协会评为“江苏优秀期刊”。2009年成为江苏省科技期刊学会副理事长单位，医药期刊专委会常驻机构。编辑部现有成员8人，教授2人，副教授1人，副编审2人，博士学位4人。共出版3本学术期刊，均为江苏省教育厅主管，南京医科大学主办。

　　《南京医科大学学报（自然科学版）》创刊于1956年，月刊，ISSN1007-4368，CN32-1442/R，连续进入《中文核心期刊要目总览》第3、4、5、6、7版，为中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），同时被美国《化学文摘》（CA）、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory ）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTChina）等著名检索工具收录。

　　Journal of Biomedical Research，前身为Journal of Nanjing Medical University（南京医科大学学报-英文版），创刊于1987年，2010年改刊名为此，双月刊，ISSN1674-8301，CN32-1810/R。已被PubMed、ESCI、SCOPUS、Google Scholar、Chinese Science Citation Database、Copernicus Index等著名检索工具收录。2015年2017年，连续三年获得“中国最具国际影响力学术期刊”奖项。接收国内外生物医学研究者、临床医生和各高校研究生的原创论文及国内外权威学者的综述。