依据《国家自然科学基金依托单位基金工作管理办法》，以下几个情况应该予以取消依托单位资格（注销或终止）；

依托单位资格自动终止：自2016年开始，对连续5年未获资助依托单位，其依托单位资格自动终止。已终止883个依托单位的资格(截至2018年12月25日)。

按说，每年都会有很多单位，自动终止依托单位资格。